Khi nói đến các đánh đổi về hiệu suất, ZK và FHE có những cách tiếp cận khác nhau. Chứng minh không kiến thức nổi bật ở đây—việc xác minh diễn ra trong tích tắc ngay trên chuỗi. Giai đoạn chứng minh đòi hỏi tài nguyên tính toán nghiêm trọng, tuy nhiên những đột phá gần đây đã làm cho quá trình này trở nên khả thi hơn nhiều so với trước đây.

Mã hóa đồng dạng hoàn chỉnh? Đó là câu chuyện ngược lại. Bạn hoàn toàn có thể tính toán trực tiếp trên dữ liệu đã được mã hóa, điều này rất mạnh mẽ. Nhưng có một điểm cần lưu ý: các hoạt động khởi động lại (bootstrapping) để làm mới nhiễu tích tụ trong các ciphertext của bạn cực kỳ tốn kém. Chi phí này là rào cản thực sự ngăn FHE được áp dụng rộng rãi mặc dù về lý thuyết nó rất tinh tế.